CONTEXTO HISTÓRICO

El 29 de mayo de 1970 es secuestrado quien fuera presidente de facto Eugenio Aramburu por parte del grupo Montoneros lo acusaban de ser el responsable del bombardeo sobre la Plaza de Mayor el 16 de junio de 155, del golpe de estado del mismo año, de la desaparición del cadáver de Eva Perón y los fusilamiento de 1956. El 1° de junio el grupo dio a conocer un comunicado donde anunciaba que el ex militar había sido ejecutado. Al día siguiente Onganía decreta la pena de muerte por actos de terrorismo pero el 8 de junio las Fuerzas Armadas lo destituyen y nombran presidente al general Roberto Levingston. 
El 2 de julio estalló una bomba en la puerta del edificio de Gelly y Obes 2230 donde vivía Mugica, no hubo heridos, el cura no se encontraba ahí. Simultáneamente 4 hombres ingresaron a la Villa 31 buscando a Mugica pero tampoco lo pudieron hallar.
Mugica hizo la denuncia y de inmediato se marchó al a Córdoba al IV encuentro de sacerdotes del Tercer Mundo. Ese mismo día dos personas subieron hasta la terraza del edificio donde vivía, se equivocaron de puerta e ingresaron al departamento que ocupaba el encargado, al que amagaron con arrojar al vacío y al que utilizaron para dejarle un claro mensaje para el cura: la próxima vez no se salvaría. Como consecuencia de estos sucesivos acontecimientos violentos que tenían a Mugica como objetivo, su familia intentó convencerlo que dejara el país por un tiempo, pero se negó rotundamente.Mugica fue uno de los integrantes de la comitiva que acompañó a Peron en su regreso a la Argentina aquel 17 de noviembre de 1972, se subió al charter de Alitalia por expreso pedido del líder justicialista, también viajó su amigo Jorge Vernazza por solicitud del propio Mugica. El MSTM había designado Rubén Dri y Rolando Conccati pero ante los deseos de Perón se modificó la lista de viajeros. Vernazza y Mugica tomaron aquel avión sin consultar a sus superiores por temor a que le negaran el permiso, se ocultaron por unos días para no ser hallados, ninguno de los dos estaba dispuesto a perderse un acontecimiento de tamaña significación y decidieron correr el  riesgo de exponerse a una sanción.
Se aproximaban las elecciones y a Mugica se le ofrece una candidatura a diputado por el peronismo, la cual rechaza a sabiendas que de aceptarla sería sancionado por la jerarquía de la Iglesia. 
Mostraba su compromiso con la causa nacional y popular en cada una de sus acciones, rezó frente a los penales para reclamar la libertad de los presos políticos, también efectuó una huelga de hambre en la capilla Cristo Obrero de Retiro por el mismo reclamo.
El 9 de mayo de 1973 el presidente electo Hector Cámpora visitó la Villa de Retiro, donde fue largamente aplaudido y se quedó a comer un asado. 
El 25 de mayo día de la asunción de Cámpora, Mugica concurrió a la Plaza donde se lo vio festejar eufórico, luego ingresó a la Casa Rosada para presenciar el acto al que había sido invitado, también estuvieron presentes el presidente de Cuba, Osvaldo Dorticós, y el de Chile, Salvador Allende, este último mártir de la democracia y el socialismo quien fuera derrocado y perdiera la vida ese mismo año, dando inicio a la salvaje dictadura pinochetista.
Ese mismo día a instancias de Perón es nombrado como asesor en el Ministerio de Bienestar Social a cargo de José Lopez Rega, la condición para aceptar fue la de no recibir ninguna remuneración. Mugica consultó con amigos si debía aceptar o no esta designación, en definitiva primó la posibilidad que el cargo le permitiera hacer llegar más ayuda a las villas.
También fue uno de los gestores de la creación del Movimiento Villero Peronista (MVP) que al poco tiempo cayó bajo la influencia de la Tendencia Revolucionaria sector que respondía a  Montoneros, situación que no fue de su agrado, principalmente a partir del enfrentamiento de ese grupo con Perón. 
A poco de que Campora ganara las elecciones del 11 de marzo de 1973, Galimberti dispara unas declaraciones sumamente inconvenientes, lanzando la idea que se podían organizar “milicias populares”. En tanto Santucho del ERP anunciaba que esa organización de ninguna manera dejaría las armas y seguiría combatiendo a empresarios y Fuerzas Armadas. En abril de 1973 fue asesinado Hector Iribarren Jefe de Inteligencia del Tercer Cuerpo, con Cámpora en el gobierno muere en un atentado Dirk Klosterman, dirigente de SMATA.
La separación de Mugica de la Tendencia Revolucionaria comenzaba a hacerse notoria, cuando se realizó un acto en el estadio de Atlanta organizado por ese sector donde participaron Firmenich, Norma Arrostito, Galimberti y otros dirigentes Montoneros, desde las páginas del diario Mayoría Mugica señaló que en el mismo había muchos jóvenes pero muy pocos obreros y que había prevalecido la ideología por sobre la realidad.
Mugica se declaró contrario a que en la primera etapa del gobierno peronista se buscara agudizar las contradicciones, consideraba que la alternativa principal seguía siendo entre la dependencia y la liberación nacional. Consideraba parte del colonialismo cultural pretender plantear alguna otra opción por sobre aquella.El sábado 11 de mayo de 1974 a las 14:30 Mugica fue a la Villa de Retiro a jugar un partido de futbol, luego se dirigió a la parroquia San Francisco Solano ubicada en Zelada 4771 de la Capital Federal, donde a las 19 horas ofició una misa, en el último banco se había ubicado uno de sus asesinos, el subcomisario Rodolfo Almirón, jefe de la triple A.